00001 #ifndef GOR_H
00002 #define GOR_H
00003
00004
00005
00011
00012
00013
00014
00015 #include <stdio.h>
00016 #include <stdlib.h>
00017 #include <string.h>
00018 #include <ctype.h>
00019 #include <limits.h>
00020
00021
00022
00023 #ifdef __cplusplus
00024 namespace RazorBack {
00025 #endif
00026
00036 typedef struct
00037 {
00038 char *Name;
00039 int **Table;
00040 int Dc;
00041 }
00042 State_ ;
00043
00052 typedef struct
00053 {
00054 char *Descr, *Aaperm;
00055 int Statno, Aano;
00056 State_ *States;
00057 }
00058 Gortable_ ;
00059
00060
00061
00062 #ifdef __cplusplus
00063 extern "C" {
00064 #endif
00065
00088 Gortable_ read_gortable(const char *Fname);
00089
00105 char *gor_predict(const char *Seq, Gortable_ Gtbl, int *Info[]);
00106
00119 void gor_pred(const char *Seq, Gortable_ Gtbl, int *Info[]);
00120
00129 char pred_char(Gortable_ Gtbl, const int Infos[]);
00130
00135 void clean_gortable(Gortable_ *Gtbl);
00136
00137 #ifdef __cplusplus
00138 } }
00139 #endif
00140
00141
00142 #endif